В 1999 году здание, где теперь находится МИУ, перешло от Правительства Москвы в безвозмездное пользование Московскому исламскому университету. Прежним руководством был сделан косметический ремонт, чтобы как можно скорее начать работу. Однако здание нуждалось в капитальном ремонте. В последующие годы ситуация не изменилась, сообщает пресс-служба МИУ.

По состоянию на 2001 год здание имело износ порядка 60-70%.

Входы в здание были времен 80-х годов, оконные рамы нельзя было открыть, они могли просто развалиться. В 2012 году новое руководство к вопросу ремонта подошло серьезно. В первую очередь поменяли коммуникационные системы, трубы, были залатаны дыры на крышах. К сожалению, к ремонту не удалось привлечь спонсоров. Руководство университета самостоятельно решило финансовый вопрос.

За летний период были капитально отремонтированы все козырьки с колоннами, аварийные трубы, частично заменены оконные рамы стеклопакетами. Также был осуществлен локальный ремонт крыши, канализационных стояков.

На данный момент остается нерешенным вопрос ремонта фасада здания, капитального ремонта крыши, оставшихся окон. Также требуется внутренняя отделка аудиторий, необходимо постелить линолеум в коридорах университета. Необходимы также вложения для ремонта и замены бытовой техники, которой пользуются студенты, проживающие на базе университета.

Администрация вуза постепенно решает накопившиеся вопросы.