В Российской империи религиозное законодательство было одним из самых лояльных в мире. Несмотря на то, что еще в XIX веке в России была государственная религия, другие конфессии обладали значительными юридическими и финансовыми правами. А в апреле 1905 года и вовсе расширились права приверженцев других религий, в том числе, мусульман, и был снят запрет на добровольный переход в ислам.
На территории Сибири мусульман всегда было немало. Этому способствовала близость Средней Азии, мест кочевок казахов. Местные оседлые татары имели свои мечети и медресе. Первая каменная мечеть появилась в городе Тара Омской области в 1802 году. Она была построена на средства купцов Айтикиных. Потомки сеидов, они переселились в Сибирь из Бухары.
В самом Омске первая мечеть строилась в период с 1827 по 1829 годы. Тогда это был центр всей Западной Сибири. Здесь размещалось Западно-Сибирское генерал-губернаторство и поэтому строительство мечети имело политическое значение. Мечеть должна была показать лояльность правительства к религии местного населения.
Минареты и купол первой омской мечети были окрашены в зеленый цвет. Три золоченных шпиля завершались полумесяцами из белой жести. Высота минарета составляла 13, а главного купола — 14 метров. Мечеть была теплой — отапливалась голландскими печами, что немаловажно при сибирских морозах. Рядом с мечетью был построен деревянный большой дом для приезжающих из степи родоначальников и послов.
Открывал мечеть ахун Мухаммед Шариф Абдрахманов. Из царской казны были выделены средства на жалование: имаму – 300 руб., муэдзину – 200, надзирателю – 180, трем сторожам – 210; на отопление и освещение – 400 рублей.
В конце 20-х годов ХХ века в Омске насчитывалось уже три мечети. Однако в советский период вера подвергалась гонениям, и мечети закрывались. В 70-е годы в Омске действовал единственный мусульманский молитвенный дом. И только в 1990 году администрация Омска предоставила, наконец-то, мусульманам участок под строительство Соборной мечети. Ее открыли в 1997 году.
В настоящее время в Омске уже шесть мечетей. Помимо Соборной, это мечеть им. Хожа-Ахмета, мечеть Хаир-Ихсан, мечеть Сейтхазы, мечеть Ихлас и мечеть Иман.